Protein Data Bank

            Protein Data Bank (PDB) adalah repositori untuk data struktur tiga dimensi molekul biologis yang besar, seperti protein dan asam nukleat . PDBe adalah sumber daya Eropa untuk pengumpulan , organisasi dan penyebaran data pada struktur makromolekul biologis . Bekerja sama denganmitra lain di seluruh dunia Protein Data Bank ( wwPDB ) - yang Collaboratory Penelitian Struktural Bioinformatika ( RCSB ) dan BioMagResBank ( BMRB ) di Amerika Serikat dan Protein Data Bank of Japan ( PDBj ) - bekerja untuk menyusun, memelihara dan memberikan akses ke repositori global data struktur makromolekul.
            Tujuan utama dari pekerjaan di PDBe adalah:
            o untuk menyediakan sumber daya yang terintegrasi dari struktur makromolekul berkualitas          tinggi dan data terkait dan membuatnya tersedia untuk masyarakat biomedis melalui   antarmuka pengguna yangintuitif.
            o untuk mempertahankan keahlian dalam - rumah di semua teknik struktur penentuan utama         ( X - ray , NMR dan EM ) untuk tetap mengikuti perkembangan teknis dan metodologis di    bidang ini , dan bekerja dengan masyarakat tentang isu-isu kepentingan bersama ( seperti      representasi data, pemanenan , format dan standar , atau validasi data struktural).
            o untuk memberikan deposisi dan penjelasan fasilitas berkualitas tinggi untuk data struktural         sebagai salah satu situs deposisi wwPDB.

            PDBe menggunakan database relasional yang menyajikan data yang berasal dari Protein Data Bank ( PDB ) dengan cara yang konsisten dan memungkinkan pengguna untuk mengambil data berarti menggunakan pencarian kompleks dan canggih termasuk query tekstual sederhana dan 3D yang lebih kompleks struktur berbasis permintaan . PDBe juga telah mengembangkan beberapa alat canggih untuk analisis struktural makromolekul .

            Pencipta PDBe secara aktif terlibat dalam upaya untuk mengintegrasikan data dari sumber utama biomedis di EMBL- EBI dan di seluruh dunia. Ini " Struktur Integrasi dengan Fungsi , Taksonomi dan Sequence" ( menyaring ) inisiatif mengintegrasikan data dari sejumlah sumber daya bioinformatika dan digunakan oleh urutan global utama , struktur dan sumber daya berbagai macam protein.

            PDBe juga bekerja secara aktif dengan kristalografi sinar-X , Nuclear Magnetic Resonance ( NMR ) spektroskopi dan cryo- Electron Microscopy ( EM ) masyarakat dan mendirikan Electron Microscopy Data Bank ( EMDB ) , yang telah dijalankan bersama oleh PDBe dan RCSB sejak tahun 2008 . Keterlibatan aktif PDBe dengan komunitas ilmiah telah menghasilkan alat yang lebih baik untuk struktur dan deposisi data dan analisis .

            PenciptaPDBe meneliti cara-cara inovatif dan intuitif untuk mengakses , memanfaatkan dan penyebarluasan data struktural untuk masyarakat biomedis yang lebih luas . PDBe berpartisipasi secara teratur dalam EMBL - EBI roadshow , tetapi juga menyelenggarakan roadshow sendiri ( berfokus pada data struktur ) di laboratorium di seluruh Eropa . Peristiwa ini memberikan parapenciptaPDBe kesempatan berharga untuk mempresentasikan keadaan saat ini database dan layanan PDBe yang sama-sama penting , untuk mendapatkan umpan balik pada sistem yang pencipta berikan.

· Latest release

o PDB entries

o EMDB entries

o Chemistry

o Biology

o PDB entry status

o Large entries

· Deposit

o PDB (AutoDep)

o EMDB (EmDep)

· Search

o Advanced PDB search

o Advanced EMDB search

o Sequence similarity

o Structure similarity

· Browse

o Gene ontology

o Enzymes

o Folds

o Protein families

o Taxonomy

o Compounds

· Services

o Quaternary structure

o Motifs and sites

r Quick access

r Structure comparison

o Advanced analysis

o PDB compounds

o Data validation

o Data mining

o Data mapping

· Other

o Deposition FAQ

o Biobar

o Quips

o UniProt coverage

o PDB highlights

o NMR

o EM

o SIFTS

o PDBprints

o PDBportfolio

o PDBe logo

o Old service names

LATEST RELEASE(KELUARAN TERBARU)

1. PDB ENTRIES

· Manusia Cyclophilin D dikomplekskan dengan Inhibitor

 Berisi ligan: 7b7

· Struktur kristal trypsiligase (K60E/N143H/Y151H/D189K tripsin) bentuk trigonal trigonal

· Berisi ligan: CA, GOL

· Struktur kristal kompleks yang dibentuk oleh wilayah E. coli sigma terikat nya -10 elemen non Template untai

 Berisi ligan: EDO

 

 Mercury Metallated Pseudomonas aeruginosa Azurin di 1,54 A

 Berisi ligan: HG, NO3, SO4

2. EMDB ENTRIES

Rata Subtomogram piramida virus terkait

 Tomografi cryo-elektron dari Chlamydomonas axoneme berlabel streptavidin (tipe liar)

 Tomografi cryo-elektron dari Chlamydomonas axoneme, aparat pair pusat (pf6)

Elektron cryo-mikroskop dari nanobody AB6 di kompleks dengan virus polio P1/Mahoney

3. CHEMISTRY

   2-methyl-D-lisin

  Formula: C7H16 N2O2
Berat molekul: 160,214 Da

§ 3 - (4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-il)-N-[(1S) -1 - (piridin-4-il) etil] propanamida

§ Formula: C18 H18 O2 N4

§ Berat molekul: 322,361 Da

§7 - [5,6 dimetoksi-2-(1,3-thiazol-2-il)-1H-benzimidazol 1-yl] quinazoline-2,4-diamina

§Formula: C20 H17 O2 N7 S

§Berat molekul: 419,46 Da

§7 - [5,6-dimetil-2-(1,3-thiazol-4-il)-1H-benzimidazol-1-il] quinazoline-2,4-diamina

§Formula: C20 H17 N7 S

§Berat molekul: 387,461 Da

4. BIOLOGY

 Dengue Type2 Virus protein non-struktural 1 (NS1) Form 1 kristal

5. PDB ENTRY STATUS

            Informasi status entri PDB merupakan Layanan yang memberikan informasi status untuk semua entri dalam arsip lengkap PDB. Berbeda dengan fitur pencarian lanjutan dari PDBe, layanan ini juga dapat melakukan pencarian lebih usang, ditarik, direvisi, yang belum pernah dirilis dan tertunda entri. Hasil disajikan dalam tabel sortable dan dapat didownload sebagai file teks tab-delimited atau sebagai file JSON. Hasil juga mengandung link download untuk file-file usang di mana yang berlaku.

            Ada RSS feed juga yang Anda dapat berlangganan untuk update pada perubahan status terakhir untuk entri dalam arsip PDB.

6. LARGE ENTRIES

Perubahan Kebijakan wwPDB

            Seperti yang diumumkan oleh wwPDB Mei 2013, struktur besar yang tidak sesuai keterbatasan format PDB akan disebarluaskan dalam dua cara selama masa transisi. Halaman ini memberikan daftar up-to-date dari entri tersebut, yang struktur utuh hanya tersedia di mmCIF / PDBx dan format XML / PDBML, sedangkan yang sesuai "split" entri mereka juga dapat diperoleh dalam format PDB.

DEPOSIT (SIMPANAN)

1. PDB (AUTODEP)

· Penyampaian Baru

Anda akan diberikan formulir kosong deposisi dari mana untuk memulai Berdasarkan Sebelumnya AutoDep Penyampaian ke PDBe

Menggunakan sesi deposisi AutoDep sebelumnya, Anda akan dapat menyalin banyak informasi lama ke sesi pengajuan baru. Setelah memilih informasi yang ingin disalin, Anda akan melihat bahwa sesi deposisi baru akan "pre-loaded" dengan informasi yang disimpan dari pengajuan sebelumnya.  Anda harus sangat berhati-hati untuk mengubah semua item yang benar-benar harus berbeda antara pengajuan ini dan yang sebelumnya.

2. EMDB (EMDEP)

· Pengajuan Baru

Anda akan diberikan formulir deposisi kosong.

Kelanjutan

Jika Anda mulai pengajuan selama sesi sebelumnya, tetapi tidak menyelesaikannya, Anda dapat melanjutkan dari mana Anda tinggalkan. Berdasarkan Pengajuan Sebelumnya

Jika Anda telah menyelesaikan pengajuan dengan EmDep, kami telah menyimpan informasi dan dapat preload bentuk baru dari yang sebelumnya disampaikan. Anda harus sangat berhati-hati untuk mengubah semua item yang benar-benar harus berbeda antara pengajuan ini dan yang sebelumnya.

SEARCH

1. Advanced PDB Search

Pencarian PDB Lanjutan

2 . Advanced EMDB Search

Anda dapat mencari arsip EMDB menggunakan layanan ini. Gunakan formulir di bawah untuk menentukan permintaan Anda. Ketika Anda menekan mengirimkan, layanan akan menampilkan tabel dengan informasi ringkasan untuk entri EMDB yang memenuhi permintaan Anda, dalam tab terpisah. Gunakan "Configure hasil pencarian" di bawah untuk memilih tata urutan hasil pencarian, dan yang bidang yang akan ditampilkan. Ada sebuah "Download" tombol pada halaman hasil pencarian yang dapat digunakan untuk men-download hasil pencarian sebagai teks atau file XML untuk analisa lebih lanjut.

3. Urutan pencarian kesamaan/kesamaan urutan

            Browser PDB ini ( PDBeXplore ) adalah sebuah antarmuka yang memungkinkan Anda untuk mengambil dan menganalisis informasi tentang semua struktur protein yang tersedia di Protein Data Bank ( PDB ) yang urutan tampilan kesamaan dengan urutan yang Anda berikan .

            Browser terdiri dari dua komponen ( dibahas lebih rinci di bawah ) . Panel kiri memungkinkan Anda untuk memasukkan urutan Anda tertarik , panel pusat menyajikan sejumlah pandangan yang berbeda pada informasi struktural yang tersedia dalam PDB tentang entri dengan molekul protein yang memiliki urutan yang sama . Semua data yang diambil dari database PDBe secara real time dan semua grafik yang dihasilkan pada permintaan , sehingga informasi yang ditampilkan selalu up - to-date . Browsing arsip struktural dengan cara ini menyediakan baik ahli dan pengguna non - pakar dengan metode intuitif untuk mengakses dan menganalisis kekayaan informasi yang tersedia di PDB , menggunakan akrab biologis atau ( bio - ) terminologi kimia dan klasifikasi .

4. PDBeFold. Struktur Kesamaan.

Fungsi PDBeFold:

ü perbandingan berpasangan dan 3D keselarasan struktur protein

ü beberapa perbandingan dan 3D keselarasan struktur protein

ü pemeriksaan struktur protein untuk kesamaan dengan seluruh PDB arsip atau SCOP arsip

ü terbaik Cα-alignment struktur dibandingkan

download dan visualisasi terbaik disuperposisikan struktur menggunakan Rasmol (platform Unix / Linux), Rastop (mesin Windows) dan Jmol (platform-independent server-side java viewer) menghubungkan hasil ke layanan lain - PDBeMotif, SCOP, GeneCensus, FSSP, Cath, PDBSum, UniProt

BROWSE

1. Gene ontologi

            Browser PDB ini ( PDBeXplore ) modul adalah sebuah antarmuka yang memungkinkan Anda untuk mengambil dan menganalisis informasi tentang Gene Ontologi penjelasan dari protein yang tersedia di Protein Data Bank ( PDB ) . Informasi ontologi gen diambil dari rilis terbaru dari Gene Ontologi Proyek .

            Proyek Gene Ontologi merupakan inisiatif bioinformatika utama dengan tujuan standardisasi representasi gen dan produk gen atribut seluruh spesies dan database . Proyek ini menyediakan kosa kata terkontrol istilah untuk menggambarkan karakteristik produk gen dan data penjelasan produk gen dari anggota GO Consortium .

            Proyek Gene Ontologi meliputi tiga domain : komponen seluler , lokalisasi produk gen dalam sel atau lingkungan ekstraselular nya, fungsi molekul , kegiatan unsur produk gen pada tingkat molekuler , seperti mengikat atau katalisis , dan proses biologis , operasi atau set peristiwa molekuler dengan awal dan akhir yang ditetapkan , berkaitan dengan fungsi unit hidup terintegrasi : sel, jaringan , organ , dan organisme .

            Browser terdiri dari tiga komponen . Panel kiri memungkinkan Anda untuk memilih gen ontologi Anda tertarik , panel kanan menampilkan informasi tentang ontologi yang telah Anda pilih , dan panel pusat menyajikan sejumlah pandangan yang berbeda dari informasi struktur yang tersedia di PDB sekitar ontologi gen tertentu . Semua data yang diambil dari database PDBe secara real time dan semua grafik yang dihasilkan pada permintaan , sehingga informasi yang ditampilkan selalu up - to-date . Browsing arsip struktural dengan cara ini menyediakan baik ahli dan pengguna non - pakar dengan metode intuitif untuk mengakses dan menganalisis kekayaan informasi yang tersedia di PDB , menggunakan akrab biologis atau ( bio - ) terminologi kimia dan klasifikasi .

2. Enzymes

            Browser PDB ini ( PDBeXplore ) adalah sebuah antarmuka yang memungkinkan Anda untuk mengambil dan menganalisis informasi tentang semua struktur enzim yang tersedia di Protein Data Bank ( PDB ) . Klasifikasi enzim ( EC ) informasi diambil dari rilis terbaru dari database IntEnz Enzim .

            Browser terdiri dari tiga komponen . Panel kiri memungkinkan Anda untuk memilih orang- enzim Anda tertarik , panel kanan menampilkan informasi tentang kelas enzim yang telah Anda pilih dan panel pusat menyajikan sejumlah pandangan yang berbeda pada informasi struktural yang tersedia dalam PDB sekitar bahwa kelas enzim . Semua data yang diambil dari database PDBe secara real time dan semua grafik yang dihasilkan on-demand , sehingga informasi yang ditampilkan selalu up - to-date .

            Browsing arsip struktural dengan cara ini memberikan kedua ahli dan non - pakar pengguna sebuah metode intuitif untuk mengakses dan menganalisis kekayaan informasi yang tersedia di PDB , menggunakan akrab biologis atau ( bio - ) terminologi kimia dan klasifikasi .

3. Lipatan/Fold

            Browser PDB ini ( PDBeXplore ) adalah sebuah antarmuka yang memungkinkan Anda untuk mengambil dan menganalisa informasi pada semua struktur lipatan dalam struktur protein yang tersedia di Protein Data Bank ( PDB ) . Informasi flip diambil dari rilis terbaru dari database Cath .

            Browser terdiri dari tiga komponen . Panel kiri memungkinkan Anda untuk memilih melipat kategori Anda tertarik , panel kanan menampilkan informasi tentang kategori flip yang telah Anda pilih , dan panel pusat menyajikan sejumlah pandangan yang berbeda dari informasi struktural yang tersedia dalam PDB tentang kategori kali lipat . Semua data yang diambil dari database PDBe secara real time dan semua grafik yang dihasilkan pada permintaan , sehingga informasi yang ditampilkan selalu up-to-date. Browsing arsip struktural dengan cara ini menyediakan baik ahli dan pengguna non- pakar dengan metode intuitif untuk mengakses dan menganalisis kekayaan informasi yang tersedia di PDB , menggunakan akrab biologis atau ( bio - ) terminologi kimia dan klasifikasi .

4. Protein families

            PDB ini ( PDBeXplore ) adalah sebuah antarmuka yang memungkinkan Anda untuk mengambil dan menganalisis informasi tentang semua keluarga urutan dalam struktur yang tersedia di Protein Data Bank ( PDB ) . Data keluarga urutan diambil dari rilis terbaru dari database Pfam .

            Browser terdiri dari tiga komponen . Panel kiri memungkinkan Anda untuk memilih keluarga urutan Anda tertarik , panel kanan menampilkan informasi tentang keluarga urutan yang telah Anda pilih , panel tengah menampilkan sejumlah pandangan yang berbeda pada informasi struktural yang tersedia dalam PDB untuk keluarga berurutan. Semua data yang diambil dari database PDBe secara real time dan semua grafik yang dihasilkan pada permintaan , sehingga informasi yang ditampilkan selalu up - to-date . Browsing arsip struktural dengan cara ini menyediakan baik ahli dan pengguna non-pakar dengan metode intuitif untuk mengakses dan menganalisis kekayaan informasi yang tersedia di PDB , menggunakan akrab biologis atau ( bio - ) terminologi kimia dan klasifikasi .

5. Taxonomy

            Browser PDB ini ( PDBeXplore ) adalah sebuah antarmuka yang memungkinkan Anda untuk mengambil dan menganalisis informasi tentang struktur protein yang tersedia di Protein Data Bank ( PDB ) untuk tingkat taksonomi tertentu (misalnya bakteri , mamalia , gorila , ... ) . Informasi taksonomi diambil dari rilis terbaru dari database taksonomi UniProt .

            Browser terdiri dari tiga komponen . Panel kiri memungkinkan Anda untuk mengetik bagian dari nama tingkat taksonomi atau spesies Anda tertarik dan menggunakan fungsi auto - cpmplete untuk memilih entri yang sesuai atau pilih dari atas nama 15 spesies yang memiliki sebagian entri PDB , sedangkan panel kanan memungkinkan Anda untuk dowanload informasi yang ditampilkan di panel tengah , dan panel pusat menyajikan sejumlah pandangan yang berbeda dari informasi struktur yang tersedia di PDB tentang tingkat taksonomi yang dipilih . Semua data yang diambil dari database PDBe secara real time dan semua grafik yang dihasilkan pada permintaan , sehingga informasi yang ditampilkan selalu up - to-date . Browsing arsip struktural dengan cara ini menyediakan baik ahli dan pengguna non - pakar dengan metode intuitif untuk mengakses dan menganalisis kekayaan informasi yang tersedia di PDB , menggunakan akrab biologis atau ( bio - ) terminologi kimia dan klasifikasi .

6. Compounds

Browser PDB ini ( PDBeXplore ) adalah sebuah antarmuka yang memungkinkan Anda untuk mengambil dan menganalisis informasi tentang semua senyawa dalam struktur yang tersedia di Protein Data Bank ( PDB ) . Browser terdiri dari tiga komponen . Panel kiri memungkinkan Anda untuk memilih ligan Anda tertarik , panel kanan menampilkan informasi tentang ligan yang telah        Anda pilih , panel tengah menampilkan sejumlah pandangan yang berbeda pada informasi struktural yang tersedia dalam PDB untuk dipilih ligan . Semua data yang diambil dari database PDBe secara real time dan semua grafik yang dihasilkan pada permintaan , sehingga informasi yang ditampilkan selalu up - to-date . Browsing arsip struktural dengan cara ini menyediakan baik ahli dan pengguna non - pakar dengan metode intuitif untuk mengakses dan menganalisis kekayaan informasi yang tersedia di PDB , menggunakan akrab biologis atau ( bio - ) terminologi kimia dan klasifikasi .

SERVICES

1. Quaternary structure

PDBePISA adalah alat interaktif untuk eksplorasi antarmuka makromolekul .

Dengan PDBePISA , Anda dapat:

-Mengambil hasil pra - dihitung untuk seluruh PDB arsip .

-Hitung hasil interaktif untuk struktur upload sebagai PDB atau mmCIF file

Hasil ini dihitung meliputi:

-sifat struktural dan kimia permukaan makromolekul dan antarmuka

-struktur kemungkinan kuaterner ( majelis ) , sifat struktural dan kimia dan pola disosiasi     kemungkinan

-pencarian arsip PDB untuk antarmuka tertentu yang dibentuk oleh homolognya struktural .

Mencari database PISA hasil pra - dihitung menggunakan berbagai macam pilihan , seperti :

- negara multimerik ,

- nomor simetri ,

- grup ruang ,

- diakses / luas permukaan dikuburkan ,

- energi bebas disosiasi ,

- ada / tidaknya jembatan garam dan obligasi disulfida ,

2. Motifs and Sites

- advanteced analysis

            PDBeMotif merupakan alat pencarian yang sangat cepat dan kuat yang memfasilitasi eksplorasi Protein Data Bank ( PDB ) dengan menggabungkan urutan protein , struktur kimia dan data 3D dalam satu pencarian . Saat ini satu-satunya alat yang menawarkan semacam ini integrasi dengan kecepatan seperti ini . PDBeMotif dapat digunakan untuk menguji karakteristik situs mengikat protein tunggal atau kelas protein seperti Kinase dan fitur struktural kekal lingkungan langsung mereka baik dalam specie yang sama atau seluruh spesies yang berbeda . Sebagai contoh, dapat menyoroti aktivasi lingkaran dilestarikan umum untuk protein kinase , yang penting dalam mengatur aktivitas dan ditandai dengan dilestarikan DFG dan motif APE pada awal dan akhir loop , masing-masing. Prediksi pengaruh modifikasi molekul kecil yang mengikat situs aktif dan / atau peraturan protein pada keberhasilan mereka dapat didasarkan pada hasil pekerjaan analitik dilakukan dengan menggunakan PDBeMotif .

            Hal ini dapat porting ke semua platform sistem operasi utama seperti MS Windows, LINUX , Apple Mac dan Solaris seperti yang ditulis di Jawa dan menggunakan Oracle dan database server gratis sumber PostgreSQL . PDBeMotif dapat digunakan secara online atau didownload dan diinstal secara lokal di mana file PDB publik dan swasta ( termasuk perpustakaan struktur 3D secara teoritis berasal ) dapat dimuat dan dianalisis . Ada juga kemampuan untuk memuat penjelasan situs protein , keluarga dan domain dari Distributed Anotasi System ( DAS ) server .

- Quick access

            PDBeXpress adalah kumpulan alat yang mengekstrak dan informasi yang berguna saat ini dan statistik dari PDB menggunakan layanan PDBe dan sumber daya seperti PDBeMotif. Peralatan ini memiliki antarmuka yang sederhana dengan masukan minimal. Mereka dapat diakses melalui panel navigasi di sebelah kiri dan secara singkat dijelaskan di bawah ini (gunakan link Dokumentasi untuk keterangan lebih rinci).

            PDBeXpress adalah kumpulan alat yang mengekstrak dan informasi yang berguna saat ini dan statistik dari PDB menggunakan layanan PDBe dan sumber daya seperti PDBeMotif . Peralatan ini memiliki antarmuka yang sederhana dengan masukan minimal. Mereka dapat diakses melalui panel navigasi di sebelah kiri dan secara singkat dijelaskan di bawah.

Alat-alat berikut ini tersedia sebagai bagian dari PDBeXpress :

- Residu

- Ligan

Untuk setiap ligan dalam PDB, alat ini akan mengambil residu dengan yang ini berinteraksi ligan, seperti yang diamati dalam entri PDB . Hasilnya diplot pada grafik interaktif , yang dapat digunakan untuk lebih melihat entri PDB. Alat ini memungkinkan Anda untuk mencari ligan dalam PDB yang berinteraksi dengan himpunan residu ( misalnya " HIS ASP SER " ) dan hasilnya diplot pada grafik interaktif .

3. Structure Comparison

Fungsi PDBeFold:

- perbandingan berpasangan dan 3D keselarasan struktur protein

- beberapa perbandingan dan 3D keselarasan struktur protein

- pemeriksaan struktur protein untuk kesamaan dengan seluruh PDB arsip atau SCOP arsip terbaik Cα alignment struktur dibandingkan

- PDBeFold: Perbandingan dengan layanan pencocokan protein lainnya.

- PDBeFold digunakan sebagai struktur mesin pencari di PDBePISA.

4. PDB compounds

Mengandung komponen kimia (ligan, molekul kecil dan monomer) sebagaimana dimaksud dalam entri PDB dan dikelola oleh wwPDB. Ini menyediakan fasilitas pencarian yang komprehensif untuk menemukan komponen tertentu, atau menentukan komponen dalam entri struktur atau sebaliknya. Antara lain PDBeChem untuk mencari komponen kimia seperti kode, molekul nama, rumus, SMILES Non-Stereo (Memiliki Sub-Struktur), Fragmen (Fragmen Expression), Kombinasikan Kriteria.

5. Data Validation

Dari halaman ini memungkinkan untuk mencari penemuan ilmiah dan analisis statistik dari database PDBe struktur makromolekul. Layanan ini menyediakan analisis statistik informasi berbasis molekul, pemilihan subset data berdasarkan berbagai distribusi berbasis molekul, analisis statistik informasi berbasis residu, dan browser database.

Layanan pada data validation antara lain:

-Struktur Statistik Analisis dan statistik struktur makromolekul
-Struktur Seleksi Pemilihan struktur
-Residu Analisis Statistik dan statistik sifat residu
-Atom Statistik Analisis dan statistik data atom
-Entry/Residue Statistik Analisis sifat residu sebagai fungsi dari Struktur
-Database browser browser Data A PDBe (readonly) untuk query dan melihat semua data PDBe
-Pemetaan layanan A menyaring analisis data pemetaan
-Menghubungkan record pencarian Sebuah Layanan untuk mencari hubungan yang tidak biasa dalam PDB

6. Data Mining

Layanan ini didasarkan tentang pencarian struktur protein untuk fragmen kecil dari protein. Fragmen kecil struktur lokal melalui ruang interaksi, seperti situs aktif, dan dapat dipasang berdasarkan semua atom dari residu, atom rantai utama / side, atau hanya bagian yang relevan kimia. Mendasari layanan database fragmen struktur yang dihasilkan oleh benar data mining dari bank data protein, yaitu koleksi dari residu yang ditemukan berdasarkan kejadian numerik dalam satu set protein struktural yang unik.

7. Data Mapping

Layanan ini menyediakan referensi silang antara data struktur protein dan database lainnya. Kelompok PDBe menjalankan proyek collabroative dengan UniProt mana semua struktur yang selaras urutan setiap minggu untuk menentukan pemetaan menyaring ke UniProt ID, dan kemudian ke semua database urutan terkait. Layanan ini menyediakan antarmuka pencarian ini menyaring data pemetaan. Jika Anda memiliki kode PDB ID dan apa yang harus menemukan apa pemetaan data lain kemudian gunakan kotak pencarian atas. Jika Anda memiliki Uniprot (atau lainnya) kode ID nama / organisme dan ingin kode ID PDB direferensikan kemudian gunakan lebih rendah set pencarian.
-Dapatkan pemetaan ke database eksternal dari PDB ID
-Dapatkan PDB kode ID untuk ID eksternal

OTHER

1. Deposition FAQ

Pada deposition FAQ ini digunakan sebagai tempat mengajukan pertanyaan yang berisi seperti deposisi dan penjelasan. Berisi data eksperimental, sumber, ligan , anotasi dan lain-lain.

2. Biobar

            Biobar adalah bioinformatika berorientasi penjelajahan toolbar untuk Firefox yang menyediakan akses ke sumber daya utama biologis data secara langsung dari browser Anda . Keuntungan utama dari alat ini adalah bahwa hal itu memungkinkan ahli biologi untuk mencari dan mengambil data dari Genomic , proteomika , Fungsional , Sastra , taksonomi , Struktur , Tumbuhan dan database - hewan tertentu . Rilis terbaru dari Biobar menyediakan akses ke lebih dari 40 koleksi data biologis .

            Selain fitur browsing, Biobar juga menyediakan link ke situs dan layanan bioinformatika penting, termasuk orang-orang di Eropa Bioinformatics Institute ( EBI ) , National Center for Biotechnology Information ( NCBI ) dan DNA Data Bank of Japan ( DDBJ ) . Alat ini juga menyediakan link ke situs data deposisi utama untuk nukleotida , protein dan data 3D – struktur.

· Quips

            PDBeQuips adalah artikel pendek dan tutorial pada struktur dipetik dari arsip PDB . Lebih sering daripada tidak , seperti namanya , halaman ini akan fokus pada ' cukup menarik ' struktur PDB daripada menakutkan raksasa . Tutorial berasumsi bahwa Anda memiliki latar belakang dalam biologi , kimia , atau obat-obatan dan memiliki kepentingan dalam protein , asam nukleat , dan interaksi obat.

            Halaman-halaman PDBeQuips menggunakan format interaktif - kita memilih pandangan masing-masing struktur PDB untuk menyoroti poin yang dibuat dalam teks. Dan juga terdapat lima jenis (kode warna) tombol dan link yang digunakan dalam PDBeQuips artikel.

· UniProt coverage

            UniProt adalah sumber daya utama untuk informasi tentang urutan protein dan fungsi dan PDB adalah arsip global struktur 3D biomakromolekul dan kompleks mereka . Banyak masukan PDB mengandung protein yang juga diarsipkan dalam UniProt

The UniPDB widget grafis menyatukan informasi urutan dari UniProt , keluarga protein dari        Pfam dan 3D struktur dari PDB . Hal ini berguna untuk biologi dalam menilai cakupan struktural ketersediaan dan tingkat 3D dari protein bunga. Selain itu terdapat juga nama, jenis dan kode UniProt dari protein yang dipilih .

            Sebuah tombol yang berlabel " Terkait urutan PDB " - jika Anda klik di atasnya , tab baru akan terbuka di mana hasil pencarian urutan terhadap seluruh PDB akan ditampilkan . Menggunakan browser PDBeXplore , Anda akan dapat menganalisis secara rinci semua entri PDB yang mengandung protein dengan urutan yang sama dengan protein favorit Anda. Ini adalah cara cepat untuk menemukan urutan orthologous dan paralogous .

            Sebuah tombol yang berlabel "Download hasil " - ini akan membuka tab baru yang pada dasarnya berisi semua informasi pemetaan dalam bentuk tabel , bentuk tekstual ( lebih tepatnya , semua item tab-separated ) . Ini berguna jika Anda ingin menyertakan rincian dalam laporan atau melakukan analisis lebih lanjut dari entri PDB .

3. NMR

Sumber daya NMR di PDBe mencakup layanan nilai tambah, seperti OLDERADO dan VASCO laporan, visualisasi dan validasi alat dan database dihitung ulang strukturansambel serta informasi pada pekerjaan NMR terkait lainnya dalam tim.Gunakan link navigasi di sebelah kiri untuk mengakses informasi tentang deposisi NMR strukturansambel, bekerja pada analisis dan validasi data NMR, perangkat lunak yang ditulis dalam tim, dan beberapa statistik NMR terkait.

4. EM

            The Electron Microscopy Data Bank (EMDB) adalah repository public untuk electron peta kerapata nmikroskop kompleks makromolekul dan struktur subselular. Ini mencakup berbagai teknik, termasuk analisis tunggal-partikel, tomografi elektron, dan elektron (2D) kristalografi.

            Sejak tahun 2007 telah dioperasikan bersama olehPDBe, dan Collaboratory Penelitian Struktural Bioinformatika (RCSB PDB) sebagai bagian dari EMDataBank yang didanai oleh NIH hibah bersama untuk PDBe, yang RCSB dan Pusat Nasional untuk makromolekul Imaging (NCMI) .

            Sumber daya tambahan dapat ditemukan di EMDataBank termasuk:
- FAQ
- Kamus
- Konvensidan format

5. SIFTS

            Struktur Integrasi dengan Fungsi, Taksonomi dan urutan (menyaring) mengintegrasikan berbagai sumber daya bioinformatika.Salah satu hambatan utama untuk integrasi database structural seperti PDBedan database urutan protein seperti UniProt adalah tidak adanya pemetaan up-to-date dan terawat dengan baik antara entri yang sesuai.

            Pada EMBL-EBI, yang PDBedanUniProt tim telah bekerjasama untuk membersihkan taksonomi dan urutan informasi referensi silang dalam database PDBe dan UniProt. Proyek ini dimulai pada tahun 2001 dan telah menghasilkan dalam penciptaan mekanisme yang kuat untuk pertukaran data antara dua sumber daya utama data.

            Hal ini telah secara dramatis meningkatkan kualitas penjelasan dan telah membantu dalam upaya mengintegrasikan sumber informasi lainnya tentang bioinformatika.

6.  PDBlogos

            PDBlogos adalah ikon bergaya yang menyampaikan informasi penting tentang entri PDB. Sebagai contoh, PDBlogos bawah menandakan bahwa biomacromolecule dalam entri berasal dari jamur dan bahwa struktur ditentukan oleh Kristal ografi sinar-X.

            Mulai tahun 2010, PDBe secara bertahap memperkenalkan sejumlah besar PDBlogos untuk menyediakan sekilas informasi padahal aman ringkasan untuk semua entri PDB. Dalam merancang PDBlogos, mereka berusaha untuk membuat maknany agar jelas dan tidak ambigu.Untuk alasan ini, dalam beberapa kasus teks sederhana digunakan sebagai pengganti ikon (seperti "X-RAY" di PDBlogos).

            PDBlogos secara default ditampilkan dengan "EMBL-hijau" background (meskipun ini mungkin warna yang berbeda di situs Web eksternal yang menggunakannya). Namun, terkadang latarbelakang abu-abu – ini menandakan bahwa baik fitur dilambangkan oleh PDBlogo tidak ada, atau data yang mendasari tidak tersedia, tidak dipublikasikan, atau tidak disimpan. Misalnya, PDBlogos bawah ini menunjukkan sebuah entri tidak mengandung molekul asamnukleat dan bahwa struktur tidak (belum) diterbitkan

            Dalam rangka untuk membuat interpretasi dari informasi yang disampaikan oleh PDBlogos lebih mudah dan memberikan informasi yang konsisten ketika jumlah entri PDB dibandingkan, PDBe juga telah mengembangkan PDB prints. Sebuah PDB print untuk entri PDB adalah kumpulan PDBlogos yang ditampilkan dalam urutan tertentu, di mana setiap ikon mewakili kategori didefinisikan dengan baik informasi.

7. PDBportfolio

PDBportfolio adalah widget untuk menampilkan slideshow gambar yang menyampaikan informasi tentang satu atau lebih entri PDB, yang juga menyediakan link ke sumberdaya yang relevan untuk analisis lebih lanjut dari aspek struktur ini. PDB portfolio digunakan padahalaman PDB Atlas of PDBe (misalnya) dan juga dapat dimasukkan dalam halaman Web Anda sendiri (misalnya).

8. PDB logo

            PDBe logo direkomendasikan ketika menyediakan tautan ke hasil pencarian, halaman struktur PDBe untuk PDB dan EMDB entri atau akses ke data set. PDBe logo digunakan ketika mengakui PDBe sebagai sebuah organisasi.PDBe logo sebaiknya diatur dengan latarbelakang putih. Jika menggunakan latarbelakang berwarna, teks dalam logo akan muncul dengan huruf putih.